Zwischen 2006-2011 wurde in den Föderationskreisen Russlands (mit Ausnahme des Föderationskreises Zentralrussland) eine bzw. mehrere Föderale Universitäten gegründet. In der Regel erhielt die größte Hochschule diesen Status und wurde zudem durch Fusionen mit zwei, drei weiteren Hochschulen zur größten und wichtigsten Universität der Region zusammengelegt.
Vorrangiges Ziel der Föderalen Universitäten ist es, neben der Forschung vor allem Eliten für die jeweilige Region auszubilden und dadurch die regionale Wirtschaftsentwicklung durch Technologietransfer, Wirtschaftskooperation, Business-Inkubatoren etc. zu fördern. Deshalb verfügen die Föderalen Universitäten über besonders gute Beziehungen in die regionale Wirtschaft. Zu den Föderalen Universitäten gehören:
- Föderale Universität Archangelsk/Arktis
- Föderale Universität Jakutsk/Nord-Ost
- Föderale Universität Jekaterinburg/Ural
- Föderale Universität Kaliningrad/Nord-West
- Föderale Universität Kasan/Wolgaregion
- Föderale Universität Krasnojarsk/Sibirien
- Föderale Universität Rostow am Don/Südrussland
- Föderale Universität Stawropol/Nordkaukasus
- Föderale Universität Wladiwostok/Ferner Osten
